Нитраты в скважине это чаще всего следствие близости септиков или сельхозудобрений, и просто кипячением их не убрать, нужно ставить систему обратного осмоса или ионообменный фильтр. Для питья и готовки точно лучше фильтровать, для полива можно оставить как есть. Сначала стоит понять, насколько превышена массовая концентрация нитратов в воде, от этого зависит тип оборудования. Подробности расписаны на этом сайте https://filtromir.ru/blog/nitraty-v-skvazhine . Если скважина неглубокая, возможно, проще перебуриться на другой водоносный слой.